Het initiatief tot oprichting van het Forum Vlaamse Archeologie kent zijn oorsprong in de coulissen van een congres in Alkmaar (de Reuvensdagen), toen een groepje Vlamingen vond dat er bij ons dringend behoefte was aan een Vlaamse tegenhanger van de Stichting Nederlandse Archeologie (SNA).
De initiatiefnemers, Rica Annaert, Luc Bauters, Bart Cherretté, Wim De Clercq, Bieke Hillewaert, Marleen Martens, Peter Van den Hove, Philip Van Peer en Alexis Wielemans, meenden dat een dergelijke vereniging een belangrijke rol te spelen had in het aankaarten van de achterstand die de Vlaamse archeologie ten opzichte van het buitenland had opgelopen met het uitblijven van een degelijke implementatie van het Verdrag van Valetta. Op dinsdag 12 april 2005 stelde deze feitelijke vereniging haarzelf en haar doelstellingen voor aan de pers, aan de Vlaamse Parlementsleden en aan de Vlaamse politici in zowel het Europese parlement als in de Raad van Europa.
Op de stichtingsvergadering van 27 januari 2006 transformeerde het FVA van feitelijke vereniging naar vereniging zonder winstbejag (vzw). De stichtende leden verkozen op de eerste algemene vergadering de eerste raad van bestuur, met als leden Rica Annaert, Luc Bauters, Bart Cherretté (voorzitter), Wim De Baere, Wim De Clercq, Wouter De Maeyer (penningmeester), Bieke Hillewaert, Johan Hoorne, Guido van den Eynde, Hans Van Lierde (secretaris), Philip Van Peer, Katleen Vandenbranden en Bart Vanmontfort (ondervoorzitter).
In de beginjaren was het FVA de enige onafhankelijke pleitbezorger binnen de archeologische sector en lag de focus vooral op de rol van drukkingsgroep voor een kwalitatieve archeologie bij verschillende overheden. Hiertoe was er onder andere ook een werkgroep Ruimtelijke Ordening werkzaam binnen de vzw. In diezelfde context maakte het FVA ook deel uit van de klankbordgroep “Malta”, die opgericht werd door de overheid, in het kader van het aangepast decreet onroerend erfgoed en de implementatie van het Verdrag van Malta (2009-2010). Het Forum startte in 2007 met het Archeologisch Forum, een congres voor de hele sector waar breed gedebatteerd kon worden.
Doorheen de jaren maakte de Vlaamse archeologie een volledige herverkaveling mee waardoor het werkveld er ondertussen helemaal anders uitziet. Het FVA evolueerde gradueel mee met deze evolutie. De rol van het Forum speelt zich ondertussen grotendeels af binnen het verbreden van het maatschappelijke draagvlak voor archeologie, dit door zowel zelf actie te ondernemen en archeologie op verschillende manieren te promoten bij het groot publiek, als door een constructieve pleitbezorger te zijn op verschillende beleidsniveaus. Er blijft ook nog steeds permanent aandacht voor de forumrol onder archeologen: het FVA maakt overleg, debat en uitwisseling van informatie mogelijk binnen de sector zelf.